As principais vantagens dos medicamentos manipulados podem ser relacionadas quanto à:

Economia

O produto manipulado é prescrito pelo médico e/ou dentista na quantidade e dosagem exatas para o tratamento do paciente, portanto, não gerando sobras.

Segurança

A Farmácia deve seguir as normas de boas práticas de manipulação determinada pelo Ministério da Saúde. A qualidade das matérias-primas utilizadas e o processo de manipulação são rigorosamente controlados.

Associação de medicamentos

Há doenças que necessitam serem tratadas com vários medicamentos ao mesmo tempo. Quando isto ocorre, para facilitar o tratamento, o médico e/ou dentista podem prescrever, desde que não haja incompatibilidade entre os princípios ativos, fórmula manipulada que possibilite a associação de todas as substâncias químicas, em um único produto.

Dose certa para a pessoa certa

Somente na fórmula manipulada é possível prescrever doses diferenciadas que atendem às necessidades de cada paciente individualmente.

Rótulo personalizado

Os dados do paciente constam no rótulo do medicamento que foi prescrito para o mesmo, evitando riscos, como o de troca ou de consumo indevido por outras pessoas.

Relacionamento "farmacêutico x médico”

Sempre que necessário, o farmacêutico contata o médico que prescreve o medicamento para esclarecer todas as dúvidas e garantir a sua saúde, facilitando o entendimento da posologia utilizada.